Le Collège de Défense du G5 Sahel est placé sous le Commandement d’un officier Général de l’armée mauritanienne  appelée (Directeur du Collège de Défense du G5 Sahel). Il est nommé par la réunion des ministres en charge la défense des pays du G5 Sahel, sur proposition de la Mauritanie,  pour un mandat de trois ans renouvelable une fois qu' il a  mis fin à ses fonctions dans les mêmes formes.

Le Directeur commande et coordonne la politique de formation. Il veille au bon déroulement de la conception, de la préparation et de la mise en œuvre des activités du CDG5S.

Il a pour cela autorité sur l’ensemble des cadres et stagiaires du CDG5S.

Il est responsable de la politique de communication du CDG5S.

Le directeur du Collège de Défense  du G5 est secondé par un directeur adjoint, au grade de général, Colonel major ou Colonel. Il est issu de l’un des pays du G5 Sahel à tour de rôle, excepté la Mauritanie, selon l’ordre alphabétique, pour un mandat de deux ans non renouvelable. Il est nommé dans les mêmes conditions que le directeur et sur proposition de son pays d’origine.